Aunque la causa de este dolor tardío no está fundamentada todavía por ningún estudio médico, existen tres teorías principales más o menos aceptadas por la comunidad. Ninguna de las teorías ha sido demostrada con estudios clínicos que la avalen como causa principal, siendo más que probable que las agujetas aparezcan por una combinación de tres factores lesivos:
- Microrroturas de fibras musculares: la más aceptada por la comunidad científica. Indica que el dolor muscular y la inflamación se producen debido a un número acusado de microfibras musculares rotas durante la práctica del ejercicio.
- Temperatura incrementada localmente en los músculos: esta teoría menciona que durante la práctica del ejercicio el músculo se calienta y en algunas zonas se producen microlesiones derivadas de este aumento de temperatura. Se trata de un fundamento muy similar a la teoría de las microrroturas musculares y está pendiente de más investigaciones al respecto.
- Acumulación de ácido láctico: esta teoría menciona que el ácido láctico resultante de la actividad metabólica en las células musculares acaba cristalizando, provocando dichos cristales el dolor muscular. Es la teoría más conocida entre los deportistas y, sin embargo, ha demostrado ser falsa ya que personas con la enfermedad de McArdle (imposibilidad de producir ácido láctico) también experimentan el dolor tardío o agujetas.